Aceasta biserica a fost mentionata pentru prima oara de catre Gregory de Tours in lucrarea sa intitulata „Istoria francilor”, scrisa in secoul VI. St. Julien le Pauvre este una dintre cele mai vechi biserici din Paris si se afla pe rue St. Jacque, langa Piata Rene Viviani si pe malul opus al Senei  fata de Catedrala Notre Dame.

Investigatiile arheologice au dovedit ca biserica este construita pe locul unui cimitir antic ce dateaza din timpul galo-romanilor si a meronvingienilor. Prima basilica construita aici, se afla langa un vechi drum roman, care astazi este rue Sain Jaques. Pietre din pavajul acestui drum inca se afla in curtea bisericii. Vechea basilica a rezistat pana in secolul al IX-lea. In 886 a fost distrusa de invadatorii nomanzi; aceasta data concide cu faimoasa batalie de la Petit Chatelet.

Biserica a intrat sub controlul Abatiei benedictine din Longpont in anul 1120, cand un grup de calugari au infiintat aici o manastire si au reconstruit biserica intr-un stil gotic. In timpul Evului Mediu, biserica a cunoscut o perioada de prosperitate datorita asezarii sale in apropierea unei rute de pelerinaj care ducea catre mormantul Sfantului James din Spania. Manastirea a inflorit ca centtru al pelerinilor si mai tarziu ca centru de invatamant pana cand a fost desfiintata in 1655. Biserica Sf.  Julien le Pauvre a fost transferata spitalului caritabil al Hotelului Dieu si a fost folosita de fundatia pana in cand fost confiscata de catre stat in timpul Revolutiei Franceze.

In anul 1889, biserica a fost sfintita si cedata ordinului Melkite, o congregatie de catolici din est  de rit bizantin, ramanand sub patronajul acestora pana in ziua de azi.